Khu công nghiệp Quế Võ II được Thủ tướng Chính Phủ bổ sung vào quy hoạch các Khu công nghiệp Việt Nam đến năm 2015, định hướng đến năm 2020 theo Quyết định số 1107/QĐ-TTg ngày 21/08/2006 với diện tích quy hoạch dự kiến ban đầu là 200 ha. Ngày 27/11/2006, Khu công nghiệp Quế Võ II được Thủ tướng Chính phủ đồng ý phê duyệt mở rộng diện tích quy hoạch từ 200 ha lên 270 ha theo Công văn số 1954/TTg-CN. KCN Quế Võ II giai đoạn 1 sau đó được tỉnh Bắc Ninh phê duyệt quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/2000 theo Quyết định số 546/QĐ-UBND ngày 19/04/2007 và được điều chỉnh quy hoạch theo Quyết định số 1374/QĐ-UBND ngày 03/10/2018. Sau điều chỉnh, KCN Quế Võ II giai đoạn 1 có diện tích quy hoạch là 269,48 ha thuộc địa giới hành chính các xã Ngọc Xá và xã Đào Viên, huyện Quế Võ, tỉnh Bắc Ninh, trong đó diện tích đất công nghiệp là 188,17 ha (chiếm tỷ lệ 69.83% diện tích quy hoạch của khu công nghiệp).
Về vị trí kết nối vùng, KCN Quế Võ II có vị trí nằm tiếp giáp với đường Quốc lộ 18 và nằm ở khu vực tập trung các KCN lớn của tỉnh Bắc Ninh như KCN Quế Võ, KCN Quế Võ III, hình thành lên một khu vực trung tâm công nghiệp của tỉnh Bắc Ninh. Đồng thời, KCN Quế Võ 2 có khả năng kết nối giao thông dễ dàng tới các trung tâm hành chính, kinh tế lớn và các tuyến đường giao thông quan trọng, cụ thể: - Cách Quốc lộ 1A khoảng 15 km - Cách sân bay Quốc tế Nội Bài 52 km - Cách cảng Hải Phòng 75 km - Cách trung tâm thành phố Hà Nội 56 km - Cách trung tâm thành phố Bắc Ninh 18 km - Cách cửa khẩu Hữu Nghị (Việt Nam - Trung Quốc) khoảng 137 km